일본에 의한 식민지 초기, 조선에는 광주, 부산, 대구 등 세 곳에 각각 외국인 선교사들이 운영하는 사립 한센병 요양원이 있었으나 규모가 작아 수용인원이 아주 적었다. 따라서 대부분의 환자들은 다리 밑이나 움막에서 살거나 유랑, 걸식하는 실정이었다.
조선 총독부는 이러한 환자들이 국가 위상에 장애가 된다고 생각하여 이들을 일정한 장소에 격리 수용할 방침을 세우고 전국 각지를 답사하여, '섬'이라는 지리적 요건으로 인해 자연적으로 격리되면서, 기후가 온화하고, 생활에 필요한 물이 많으며, 육지와 가까워 물자를 나르기가 쉽다는 점을 들어 소록도를 적지로 선정하였다.
이런 결정에 따라 원주민들의 강렬한 저항에도 불구하고 섬의 약 1/5에 해당하는 30여만 평에 대해 집과 땅을 강제로 매수하여 이주시킨 후 1916년 2월 24일 조선총독부령 제7호로 관제를 공포하여 [소록도자혜의원]을 설립하였다.
원래 자혜의원이란 일반 병원으로 전국에 18개가 있었는데, 19번째로 개설된 소록도 자혜의원은 한센병을 전문으로 하는 특수병원이었다.
